在进行税务筹划之前，应该明确应纳税额影响因素有哪些，具体到个人股权转让，股权转让定价、股权原值的大小、计征方式、能否争取税收优惠政策或财政返、税务筹划能力与执行能力是进行税务筹划的逻辑起点，每个变量本身又受多种因素影响，举例来说，在实际股权转让过程中，股权转让价款的确受到股权的账面原值、公允价值的参照标准、被转让公司对外债务、转让方不确定未来收益等等，这就给税务筹划带来了空间。
一、利用“正当理由”实现低价转让股权
根据67号文第十条规定，股权转让收入应当按照公平交易原则确定，同时，第十三条指出，符合下列条件之一的股权转让收入明显偏低，视为有正当理由：
（一）能出具有效文件，证明被投资企业因国家政策调整，生产经营受到重大影响，导致低价转让股权；
（二）继承或将股权转让给其能提供具有法律效力身份关系证明的配偶、父母、子女、祖父母、外祖父母、孙子女、外孙子女、兄弟姐妹以及对转让人承担直接抚养或者赡养义务的抚养人或者赡养人；
（三）相关法律、政府文件或企业章程规定，并有相关资料充分证明转让价格合理且真实的本企业员工持有的不能对外转让股权的内部转让；
（四）股权转让双方能够提供有效证据证明其合理性的其他合理情形。
可见，股权低价转让，需要符合法定情形，从本质上讲这一条与第十条“公平交易”并不矛盾，也是为了让交易价值更加符合实际，但是在实际税收征管中，在形式审查重于实质审查的情况下，利用上述政策，提供充分的证据材料，可以实现较低价格转让。比如，目前在国内外的大背景下，煤炭等能源企业运营困难，相关转让方可以借用上述第一条进行筹划；对于家族企业内部股份转让则可以通过第二条进行筹划；尤其值得关注的是第三条，具有很大的筹划空间，可以通过修改公司章程、相关协议进行“内部”低价转让；第四条则赋予了税务机关很大的自由裁量权，也为部分企业提供了一定的筹划空间。需要提醒的是，该筹划方法的运用，依然面临实质课税被纳税调整的风险。
二、恰当运用“核定”法
67号文第十一条规定了核定股权转让收入的四种情形，并明确了核定的具体三种方法；对于转让股权原值，第十七条规定：“个人转让股权未提供完整、准确的股权原值凭证，不能正确计算股权原值的，由主管税务机关核定其股权原值。”但是，对于核定方法，没有给出具体的规定，实际上是把权限给了各地税务机关，从之前的各地实践来看，比如，陕西省税务机关会结合验资报告、银行询证函、银行存款日记账、实收资本(股本)账面记录、公司章程、等进行审核对比以核定原值，海南省按申报的股权转让收入的一定比例（15%）核定计税成本。
因此，对于部分近年来迅猛发展的行业而言（如房地产等），如果按照上述方式进行核定的成本大于实际成本，可以适用这一方法进行税务筹划，以降低应纳税所得额。然而，由于核定适用情形通常是在会计账册、相关计税凭证不完整的情形下，被转让股权公司面临相关会计制度、税收征管法处罚的风险。
三、变更被转让公司注册地，争取税收优惠或补贴
为了招商引资，发展中西部地区的经济，国家及地方层面都出台了一系列的区域性税收优惠政策，多数经济开发区都出台了财政返还政策。按照现行《个人所得税法》规定，个人股权转让属于“转让财产”所得，应计征20%的个人所得税。各地出台的区域性的税收优惠政策或财政返还政策，实际上是降低了实际的税负率。2010年以来，针对上市公司限售股减持，更是一度出现了所谓的“鹰潭模式”、“林芝模式”等，一大批股权转让方实现了成功避税，涉及金额高达数十亿元。
